生殖系统感染是女子手淫的苦果之一，也是不育的重要根源。未婚女子阴道防卫功能尚不十分健全，阴道粘膜比较脆弱，在异物的刺激下容易发生充血水肿及粘膜损伤，从而为病菌侵入大开方便之门。如果手淫工具不卫生，那就更易发生感染。某地一位高中学生，用刚从菜地里摘来的黄瓜进行手淫活动，由于黄瓜上有农药，结果不仅使阴道发生剧烈疼痛，粘膜严重损伤，还导致全身农药中毒。有些女子喜欢用灯泡之类的玻璃制品作为手淫工具，结果灯泡破裂，碎玻璃嵌入阴道，引起阴道外伤乃至大出血。像这样的不洁手淫，难免发生阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎以及输卵管炎，严重者还可导致腹膜炎、败血症。反复的炎性破坏，输卵管内膜及肌层均可导致创伤，如瘢痕形成、粘膜纤毛坏死，最终会导致输卵管的梗阻及蠕动功能障碍，婚后可严重影响卵子、精子的运行及受精卵着床，导致不孕或宫外孕。经常手淫的未婚女子，盆腔瘀血综合征、痛经等病的发生率也相当高。手淫造成的心理障碍，也可造成不育。有些女子由于频繁手淫，身体罹患疾病，加上婚后性生活难以获得理想的效果，结果思想负担重，有的人还可发生性冷淡，给生育增添了许多困难。

此外，有些女子对生殖器官的位置不清楚，手淫活动中常将尿道误为阴道。某院曾收治一位急性尿瀦留的女青年，经检查膀胱内有金属异物。原来，她曾用镀铬金属棒插入尿道频繁刺激，当时只感到舒服和满足。据研究，尿道具有一定的"吞咽"能力，加上女性尿道比较短、直，当用较短的异物作为手淫工具时，尿道很容易将异物吸入膀胱内。那位女青年发现金属棒吸入尿道后，心情十分紧张，想立即求医，但害怕遭到他人嘲笑，又怕暴露真相后受到父母的斥责，就这样忍受痛若达１年之久，直到发生急性尿瀦留才不得不上医院求医。泌尿系反复感染与生殖系感染可互相影响，并可能形成恶性循环。